传播疾病
鼠是许多疾病的储存宿主，传播疾病的途径主要是：体外寄生虫叮咬、排泄物污染、机械携带以及直接咬人等方式。可传播鼠疫、钩端螺旋体病、肾病综合出血病、恙虫病、森林脑炎、土拉伦菌病、Q热、毒浆体病、蜱传立克次体病、类丹毒、假结核、沙门氏菌病、布鲁氏菌病、李司特菌病、炭疽、旋毛虫病、蜱传回归热、皮肤利什曼病、地方性斑疹伤害、莱姆病、乙型脑炎、狂犬病、也兔热、鼠咬热、血吸虫病和肠道传染病等35种人的疾病。有统计资料证明，有史以来死于鼠传疾病的人数，远远超过历次战争死亡人的总和。
鼠所传播的疾病中，危害最大的是鼠疫。在历史上曾发生数次世界大流行。如十四世纪的一次大流行，当时称为黑热病，死于鼠疫者亚洲约4000万人，欧洲约2500万人，约占当时欧洲人口的四分之一。解放前，鼠疫曾在我国某些地方猖獗流行，如1910年，在东北满洲里一带发生肺鼠疫，传播到齐齐哈尔、沈阳、山东、河北等地，流行7个月，死亡六、七万人。
在鼠源性疾病中，现实危害最大的当是肾综合征出血热，从50年代至80年代，发病和病死人数急剧上升，到90年代初，仍维持在较高水平。病死率虽有下降，但因发病人数多，总数不少。钩端螺旋体病具有多宿主性，其中与鼠有关者占相当大的比例，年发病人数万至十万人，不低于肾病综合征出血热。由于波动大，突然出现的强烈流行可造成很大的损失。
农业的危害
在我国病、虫、鼠的危害早已列入农、林、牧、副、渔五业植物保护工作的主要治理对象。1975年联合国粮农组织报告，全世界农作物每年因鼠害减产5000多万吨，贮粮损失3300多万吨，直接经济损失相当最贫困的25个国家的国民生产总值之和。我国每年因鼠害损失的粮食，估计为1500万吨之多。
对林业的危害：鼠害直接盗食播下的种子，毁坏幼苗，啃食树皮树根，造成树木枯死。仅1982年对黑龙江、辽宁、内蒙古、甘肃等地的调查统计，林区鼠害面积达300万亩，一般树木被害率为20%-40%，枯死率在20%以上。
对牧业的危害：鼠类与牧畜争夺牧草，危及牧场载蓄量。据1983年全国植保总站资料报告：全国有鼠害的草场面积达5亿亩，占到草场总面积的11.6%，1984年统计，草原鼠害达8.9亿亩，损失500亿斤牧草，价值30亿元。
工业和交通上的危害
鼠类对工业的危害，主要表现在毁坏输电、通信线路和仪器设备等方面。技术越发展，仪器设备越精密，可能造成的危害越大，据资料记载，1938年美国纽约因电缆被鼠咬坏而造成全市停电，美国城市火灾查明约有四分之一是鼠咬坏电缆线造成的。我国鞍钢1960-1986年的26年间，共发生由鼠引起的停电打80余次，每次损失重大。按照有关资料介绍，在不明原因的火灾中，约三分之一是鼠类引起的。
鼠类对交通业的危害相当普遍，可造成轮船抛锚、飞机失事、列车停运等。
其它方面的危害
鼠类在堤坝上掘洞引起水灾事故，对建筑、家具、电器、衣物、纸币、挡案、单据、书籍、文物等的危害，都是经常发生的。给养禽、养蓄都能造成损失，咬伤儿童、老人等均屡有所闻。