医学上，灭鼠是指消灭能作为传染源（病原宿主）的啮齿动物。啮齿动物不仅是一大批人畜共患病的传染源，而且对人类生活带来危害，给农业、林业、畜牧业及水利造成很大经济损失。
灭鼠方法可分三类：①机械灭鼠法；②化学灭鼠法；③生物灭鼠法。
一、机械灭鼠法
机械灭鼠法包括：器械捕鼠、挖洞法、水灌洞法及翻草垛法。
器械捕鼠是民间流传的方法，现在常用的有木板夹、铁板夹、弓形夹和捕鼠笼等捕鼠器。捕鼠器的优点是使用安全，鼠尸容易清除，适用于不能使用灭鼠剂、中毒鼠类死于难以清除的角落而引起尸臭的场所，以及需要捕鼠做流行病学调查的场所。为了使灭鼠效果良好，应保持以下条件：①断绝鼠粮；②诱饵须适合鼠种食性；③捕鼠器的引发装置须灵敏；④在鼠类经常活动场所布放，并于鼠类活动高峰前放好；⑤捕鼠器保持清洁，无恶臭。
挖洞法：适于捕捉洞穴构造比较简单或穴居的野鼠，如黄鼠、仓鼠等。
水灌法：适于洞穴简单，洞道向下较坚实和取水方便处所的鼠洞。
翻草垛法：适用于以草垛作为临时性或季节性隐匿场所的鼠类，如秋季集中于田禾束中的黑线姬鼠，冬季集中于草垛中或粮垛中的小家鼠。
二、化学灭鼠法
化学灭鼠法是大规模灭鼠中最经济的方法。使用时应注意安全，防止发生人、畜中毒事故。化学灭鼠可分为毒饵法和毒气法。
（一）毒饵法
1.常用灭鼠药 目前使用的肠道灭鼠药有急性和慢性灭鼠剂两类。只需服药一次可奏效的称急性灭鼠剂，或速效药。需一连几天服药效果才显著的称慢性灭鼠剂，或缓效药，前者多用于野外，后者多用于居民区内。
杀鼠灵的毒力和服药次数有密切关系。服药一次，只有在剂量相当大时才能致死；多次服用时，虽各次服药总量远低于一次服药的致死量，亦可能致鼠死亡。它主要破坏鼠类的血液凝因能力，并损伤毛细血管，引起内出血，以致贫血、失血、终于死亡。它作用较缓慢，一般服药后4～6天死亡，少数个体可超过20天。加大剂量并不能加速死亡。
由于杀鼠灵用量低，适口性好，毒饵易被鼠类接受，加之作用慢，不引起保护性反应，效果一般很好。不过，投饵量必须大大超过急性药毒饵，投饵期不应短于5天。
杀鼠灵对褐家鼠的慢性毒力甚强，但对小家鼠，黄胸鼠等稍弱。在禽、畜中猫、猪敏感，鸡、鸭、牛等耐力很大。总的看来是当前最安全的杀鼠剂之一。
2.诱饵和添加剂 除灭鼠药外，诱饵的好坏也直接影响效果，必须选择鼠类喜食者。目前大规模灭鼠使用的诱饵有以下几种类型：①整粒谷物或碎片，如小麦、大米、莜麦、高梁、碎玉米等；②粮食粉，如玉米面、面粉等，主要用于制作混合毒饵。通常可用60％～80％玉米面加20％～40％面粉；③瓜菜，如白薯块、胡萝卜块等，主要用于制作沾附毒饵，现配现用。
3.毒饵的配制 为保证质量，毒饵宜集中配制，从三方面严格要求：①灭鼠药、诱饵沾着剂等必须符合标准；②拌饵均匀，使灭鼠药均匀地与诱饵混合；在使用毒力大的灭鼠药时应先配成适当浓度的母粉或母液再与诱饵相混。母粉与母液的含药量必须准确；③灭鼠药的浓度适中，不可过低，也不能过高。过高影响适口性，反而降低灭鼠效果。对慢性药来说，提高浓度并不能相应地加快奏效速度。
4.毒饵投放 毒饵投放最好由受过训练的人员进行。投放方法有：①按洞投饵：对洞穴明显的野鼠适用；②按鼠迹投放：大部分地区家鼠洞不易找到，但活动场所容易确定，可用此法投药；③等距投放：在开阔地区消灭野鼠，按棋盘格方式，每行每列各隔一定距离放毒饵一堆；④均匀投放：一般只限野鼠，适于鼠密度高，地广人稀之处；⑤条带投放：每隔一定距离在一条直线上投药，用于灭野鼠。
在家庭中灭鼠投饵可以采取晚上布放，白天收掉，以免误伤儿童及禽、兽；也可用毒饵盒的方法，毒饵盒可就地取材，因时因鼠而异。毒饵盒的置放一般不超过5天，若5天以上无鼠入内，应更动地点。灭家鼠时，每户放毒饵盒一、两个即可，但应地点合适，使用之初勤检查，及时补充新鲜毒饵。鼠密度下降后，每月检查一次，以保证安全。
（二）毒气法
毒气灭鼠有两种类型：一是化学熏蒸剂，另一是烟剂。常用化学熏蒸剂是磷化铝和氯化苦，以及不同配方的烟剂。
三、生物灭鼠法
灭鼠的生物，既包括各种鼠的天敌，又包括鼠类的致病微生物；后者在目前很少应用，甚至有人持否定态度。天敌中家猫虽可灭鼠，但家猫可传播鼠疫及流行性出血热，故在这两种病的疫区不能靠猫灭鼠。野生天敌中鹰和蛇应加以保护,有助于灭鼠。